issue: System prompt is duplicated after tool call

快速结论：该报错发生在 Open WebUI 通过 manifold pipe 模型调用工具后，紧接着发送的请求体中系统提示词（system prompt）被重复注入。优先排查工具调用后的续传请求是否触发了 bypass_system_prompt 绕过逻辑的缺失，该问题已在 dev 分支修复。

适用环境：Issue 已确认的环境为 Open WebUI v0.11.0（Docker 安装方式），操作系统为 Ubuntu，使用 manifold pipe 模型且模型调用了集成工具。

最快修复方案：暂无确认的一步修复方案。根据 Issue 讨论，修复补丁已在 dev 分支合入（PR #28739），可尝试升级到 dev 分支或等待包含该修复的正式版本发布。

注意事项：该问题仅在工具调用后的第一个续传请求中出现，后续正常对话请求不受影响；可能原因涉及 functions.py 中未判断 bypass_system_prompt 标志导致系统提示词被重复应用。

问题场景

用户在 Open WebUI v0.11.0 中使用 manifold pipe 自定义模型管道（pipe），当模型调用一个内置工具后，Open WebUI 发送给下游模型（如 openrouter_kosten.google/gemini-3.1-flash-lite）的请求体中，系统提示词（system prompt）出现了重复。该问题仅在工具调用后的第一个请求中出现，后续正常对话请求体恢复正常。用户通过 manifold pipe 的 _pipe() 函数中打印请求体日志的方式定位到该问题。

报错原文

issue: System prompt is duplicated after tool call

Message body after tool call:
{
    "stream": true,
    "model": "openrouter_kosten.google/gemini-3.1-flash-lite",
    "messages": [{
            "role": "system",
            "content": [{
                    "type": "text",
...

原因分析

根据 Issue 讨论中的分析，问题根源在 Open WebUI 后端代码逻辑：

工具调用后的续传请求（tool-call continuation）在重新提交时带有 bypass_system_prompt=True 标志，但 functions.py 第 294 行在应用系统提示词时没有校验该标志，导致管道（pipe）收到两次系统提示词。
add_or_update_system_message(append=False) 函数实际执行的是“前插”（prepend）而非“替换”，因此两次插入之间产生了一个 \n 换行符，形成了重复内容。
{**form_data} 共享了调用方的 messages 列表，因此每进行 N 轮工具调用，系统提示词就多一份（N+1 份）；下一轮正常对话时因为请求体从存储的聊天记录重新构建，所以不再重复。

可能原因：用户在 manifold pipe 中对请求体 body 对象进行了原地修改（如将字符串类型的 content 转换为 content parts 数组），但由于 params = {'body': form_data} 传递给管道的实际是活动列表（live list），用户对 body 的修改会被重新提交。不过 Issue 中确认这并非系统提示词重复的根因，不修改 body 的裸管道（barebones manifold pipe）同样会触发该问题。

环境排查

确认 Open WebUI 版本是否为 v0.11.0 或更早版本（该问题已在 dev 分支修复）。
确认是否使用 manifold pipe 模型且模型调用了集成工具。
在容器日志或管道日志中搜索请求体中 role: "system" 的消息数量，确认是否存在重复。
检查是否有社区相关 Issue：#23957（管道/工具调用导致消息重复）、#19169（智能体工具调用期间系统提示词重复）、#21726（RAG 工具使用时的重复注入）等。

解决步骤

优先尝试升级到 Open WebUI dev 分支或等待包含修复的正式版本。Issue 中说明修复补丁已在 dev 分支合入（对应 PR #28739），核心修改是在 generate_function_chat_completion 函数中增加 if not bypass_system_prompt: 判断，与原生路由（routers/openai.py:1494、routers/ollama.py:1134）的行为保持一致。
在自定义 manifold pipe 中，对传入的 body 参数使用 copy.deepcopy(body) 创建副本再处理，将 body 视为只读对象，避免原地修改影响后续请求（Issue 用户已采用此方案）。
如果仍需在旧版本上运行，检查 functions.py 中 generate_function_chat_completion 函数是否有条件判断 bypass_system_prompt，没有的话可考虑临时修改代码阻止二次注入。

验证方法

在 manifold pipe 的 _pipe() 函数顶部添加日志输出请求体（logger.info(f"task body:\n{json.dumps(body)}")），让模型调用一次工具后，检查日志中工具调用后的第一个续传请求体：如果 messages 数组中 role: "system" 出现的次数仅为 1 次，且系统提示词之后没有出现额外的 \n 换行符残留，则说明问题已解决。