Dify Cloud MCP Server returns -32603 Internal Server Error when called from n8n MCP Client

问题场景

用户在 Dify Cloud（1.16.1）中创建 MCP Server，然后在自托管 n8n 中配置 MCP Client 节点，使用 Dify MCP 端点并通过 HTTP Streamable 传输调用该 Server 暴露的任意工具。执行工作流时，工具调用立即失败并返回 MCP 错误。

用户已做的额外验证：测试了多个 Dify Cloud MCP Server、来自不同 Dify Cloud 账号的 MCP Server、以及此前可正常工作的旧 MCP Server；同时用简单工作流排除复杂度因素；同一个 n8n MCP Client 连接 VPS 自托管的 MCP Server 可以正常通信。因此问题指向 Dify Cloud MCP 服务本身，而非 n8n 客户端。用户还指出该问题从 2026-08-04 开始出现，此前相同的 Dify Cloud MCP Server 无需改动即可正常工作。

报错原文

MCP error -32603: Internal server error:
Can't operate on closed transaction inside context manager.
Please complete the context manager before emitting further commands.

原因分析

根据 Issue 讨论中 Dosu 的答复，这是一个已被多人复现的确认缺陷，根因是 MCP 控制器代码中的 SQLAlchemy 会话管理问题：api/controllers/mcp/mcp.py 将请求包在 sessionmaker().begin() 上下文中，该上下文在退出时会自动提交。当下游调用 AppGenerateService.generate() 时，生成代码路径内部执行了一次 session.commit()，导致事务被提前关闭；此后任何 ORM 操作（例如设置 conversation.override_model_configs）都会失败，因为事务已关闭，从而抛出上述 -32603 错误。

讨论指出该问题由 PR #34281 引入，该 PR 将 MCP 控制器迁移到 sessionmaker().begin()，但未考虑 app generation 流程中的内部 commit；这与 #39191（dataset 路径，已在 1.16.1 修复）属于同类问题，但 MCP 路径当时尚未处理。另有 #37403 作为更广泛会话重构的 umbrella issue，#39787 为自托管环境下的同一缺陷报告。

环境排查

• 确认 Dify 部署形态与版本：本 Issue 为 Dify 1.16.1 Cloud；同时确认是否也存在自托管实例（对应 #39787）。
• 确认 n8n 部署方式（本 Issue 为自托管）及 MCP Client 使用的传输协议（HTTP Streamable）。
• 确认 MCP Server 创建位置：Dify Cloud 还是 Dify 自托管。
• 确认故障是否跨账号、跨 MCP Server 复现，以排除单个工具或工作流配置问题。
• 用同一个 n8n MCP Client 连接非 Dify 的 MCP Server（如 VPS 自托管）验证客户端本身是否正常。
• 确认问题起始时间点是否与 Dify 侧版本/变更相关（Issue 中记录为 2026-08-04 开始）。

解决步骤

1. Dify Cloud 用户：暂无用户可执行的服务端修复步骤，只能等待 Dify Cloud 基础设施侧合入修复。可关注 #40007、#39787、#37403 的进展。
2. 自托管用户（可优先尝试，尚未由维护者在本 Issue 确认）：将 api/controllers/mcp/mcp.py 中的 sessionmaker(...).begin() 上下文替换为普通会话 Session(db.engine, expire_on_commit=False)，并显式管理 commit，参考 #36392 等 PR 的修复模式。
3. 修改前先备份对应文件与数据库，并在测试环境验证工具调用路径（包含会触发内部 commit 的 app generation 流程）后再上生产。
4. 若自托管环境已有可用旧版本，可评估临时回退到未引入该会话变更的版本；但 Issue 未给出明确可用版本号，需自行验证。

验证方法

在 n8n 中用同一个 MCP Client 节点重新执行此前失败的工作流，调用 Dify MCP Server 暴露的工具：若不再返回 MCP error -32603: Internal server error，且工具正常执行并返回预期结果，即视为问题解决。建议同时用多个 MCP Server 和不同账号复测，确认为服务端整体修复而非个例。

参考来源

langgenius/dify #40007

相关：langgenius/dify #39787、langgenius/dify #38998、langgenius/dify #37403、langgenius/dify PR #34281、langgenius/dify PR #36392

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