MCP tools/call fails with closed transaction inside sessionmaker().begin() on 1.16.1

问题场景

在 Dify 1.16.1（Docker Compose 自托管）中，创建一个 Chatflow 或 Workflow 应用并发布后，为该应用启用 MCP，拿到 MCP 服务端点（/mcp/server/<server_code>/mcp），再用 MCP 客户端连接该端点。initialize 和 tools/list 可能正常返回，但调用 tools/call 去实际执行已发布应用的工具时触发失败。API 日志显示异常发生在 MCP 的 streamable_http 处理链，向下进入 AppGenerateService.generate()，最终落到 advanced_chat/app_generator.py 中给 conversation.override_model_configs 赋值时，由 SQLAlchemy 抛出事务已关闭的错误。

报错原文

MCP error -32603: Internal server error
Can't operate on closed transaction inside context manager.
Please complete the context manager before emitting further commands.

2026-07-29 02:17:22.563 ERROR [Dummy-8] [streamable_http.py:138] ... - Internal server error
Traceback (most recent call last):
  File "/app/api/core/mcp/server/streamable_http.py", line 127, in handle_mcp_request
    handle_call_tool(session, app, request, user_input_form, end_user, protocol_version)
  File "/app/api/core/mcp/server/streamable_http.py", line 209, in handle_call_tool
    response = AppGenerateService.generate(
  File "/app/api/services/app_generate_service.py", line 112, in generate
    return cls._run_with_guardrails(
  ...
  File "/app/api/core/app/apps/advanced_chat/app_generator.py", line 558, in _generate
    conversation.override_model_configs = workflow.features
  ...
  File "/app/api/.venv/lib/python3.12/site-packages/sqlalchemy/orm/session.py", line 929, in __init__
    TransactionalContext._trans_ctx_check(session)
  File "/app/api/.venv/lib/python3.12/site-packages/sqlalchemy/engine/util.py", line 111, in _trans_ctx_check
    raise exc.InvalidRequestError(
sqlalchemy.exc.InvalidRequestError: Can't operate on closed transaction inside context manager. Please complete the context manager before emitting further commands.

原因分析

根据 Issue 正文与评论分析，根因是 api/controllers/mcp/mcp.py 用 sessionmaker().begin() 把整个请求包在上下文管理器里，该上下文在退出时会自动提交。当这个 session 被传递到下游的 AppGenerateService.generate() → advanced_chat/app_generator.py 时，生成代码路径内部又执行了 session.commit()，这会提前关闭事务。之后任何 ORM 变更（例如设置 conversation.override_model_configs）都会失败，因为 sessionmaker().begin() 的上下文管理器检测到它的事务已经被关闭。

评论指出这一行为由 PR #34281 引入，该 PR 将 MCP 控制器迁移到 sessionmaker().begin()，但没有考虑应用生成服务内部仍会调用 session.commit() 的情况。Issue 作者也指出这与 #39191 / #39223（dataset 路径，已在 1.16.1 修复但未覆盖 MCP）、#36392 / #36077（RAG 控制器，改用普通 Session）属于同一类问题；并且截至当前 main 分支，api/controllers/mcp/mcp.py 仍在使用 sessionmaker(…).begin()，尚无针对该 MCP 路径的修复 PR。另有用户在 #38998 报告了完全相同的 MCP 相关失败。

环境排查

• 确认 Dify 版本是否为 1.16.1（Docker Compose 自托管部署）。
• 确认报错栈中 Python 路径为 python3.12，即运行环境为 Python 3.12。
• 确认应用类型为已发布的 Chatflow 或 Workflow，且已启用 MCP 并连接对应 MCP 端点。
• 确认失败仅出现在 tools/call，而 initialize / tools/list 可能正常。
• 检查 api/controllers/mcp/mcp.py 是否仍使用 sessionmaker(…).begin() 作为请求级会话管理。
• CUDA、显卡、PyTorch 及具体依赖版本未在 Issue 中给出，如有环境差异需另行确认。

解决步骤

1. 复现并定位：用 MCP 客户端对已发布应用调用 tools/call，确认返回 MCP error -32603，并在 API 日志中看到 sqlalchemy.exc.InvalidRequestError: Can’t operate on closed transaction inside context manager。
2. 检查 api/controllers/mcp/mcp.py，确认请求处理是否被 sessionmaker(…).begin() 上下文包裹。
3. 可优先尝试的绕行方案：将 sessionmaker(…).begin() 上下文替换为普通 Session(db.engine, expire_on_commit=False)（即去掉 .begin()），并在处理逻辑末尾显式提交。
4. 这样下游生成流程内部的 session.commit() 不会与上下文管理器的自动提交冲突，从而避免事务被提前关闭。该模式与 RAG 控制器修复（PR #36392、#36077）一致。
5. 关注 Issue #37403 这一涵盖约 153+ 文件的会话重构总览 Issue，以及是否出现针对 MCP 路径的正式修复 PR。

验证方法

应用绕行修改后，重启 API 服务，再次用 MCP 客户端连接同一端点，先调用 initialize / tools/list，再调用 tools/call。如果返回的是应用/工作流的正常结果，且 API 日志中不再出现 Can’t operate on closed transaction inside context manager 或 MCP error -32603，即可认为问题已解决。若仍失败，请核对下游生成服务是否还有其他内部 session.commit() 与当前会话管理方式冲突。

参考来源

langgenius/dify #39787

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